分裂国家罪与背叛国家罪在构成要件及其表现形式上存在着许多相似甚至相同之处，如它们侵犯的同类客体都是国家安全，其直接客体都牵涉到国家的领土完整与安全；它们在客观方面都可能与境外的机构、组织或者个人勾结，并且都以法定危害行为的实行而不以发生危害国家安全的结果作为犯罪成立的要件；它们在主观方面都是出于直接故意，并且这种故意都是就危害行为本身的态度而言的.。但他们也具有原则性的不同
（1）就犯罪侵犯的直接客体而言，本罪侵犯的直接客体是国家的统一，而背叛国家罪侵犯的直接客体则是国民对其国家的效忠义务.。虽然这两种犯罪都涉及到对国家领土完整的危害，但本罪对国家领土的危害，不是将我国的一部分领土分离出去，领土和国家的主权与安全并没有落入外国之手，而是制造地方“独立”的割据局面，这实质上是以破坏国家统一的方式危害国家安全，就此而言，分裂国家罪属于“内忧”；而背叛国家罪对国家领土的危害，则是勾结外国，或者与境外的机构、组织、个人相勾结，背离自己效忠国家的义务而向外国出卖国家主权、出让国家领土，或者策划外国向我国发动战争，侵占我国领土，这实质上是以出卖国家主权、出让国家领土或者破坏国家领土安全的方式而危害国家.。就此而言，背叛国家罪属于“外患”。
（2）就犯罪的客观方面而言，这两种犯罪也有两点不同：首先，本罪不要求将“勾结外国”或者“与境外的机构、组织、个人相勾结”作为要件，即行为人是否勾结外国，或者是否与境外的机构、组织、个人相勾结，并不影响本罪的成立。而背叛国家罪缺乏“勾结外国”或者“与境外的机构、组织、个人相勾结”则无以成立犯罪；其次，在犯罪的行为表现方式和内容上，本罪是通过将中华人民共和国的一部分领土分离出去，脱离中央政府的领导，制造地方“独立”的割据局面而危害国家的领土完整，是以对国家统一和完整的侵害而危害国家安全。而背叛国家罪则是通过勾结外国，或者与境外的机构、组织、个人相勾结，以对国家主权、领土完整和安全的侵害而危害国家安全.。
（3）就犯罪主体而言，本罪属于一般主体，即只要年满16周岁、具有刑事责任能力，不管是中国公民，还是外国人、无国籍人，都可以成立本罪.。并且，本罪只能由多数人构成，属必要共犯；而背叛国家罪的犯罪主体只能是年满16周岁、具有刑事责任能力的中国公民，并且单独的个人仍然可以构成本罪。
（4）就主观故意的内容而言，本罪的行为人具有分裂国家、破坏国家统一的直接故意，即认识到自己的行为是分裂国家、破坏国家统一而积极实施；而背叛国家罪的行为人则具有危害国家主权、领土完整与安全的直接故意，即认识到自己的行为是勾结外国，或者与境外的机构、组织、个人相勾结而危害国家主权、领土完整和安全而积极实施。
（二）分裂国家罪与煽动分裂国家罪的界限
作为均以分裂国家为其最终目的的犯罪行为，煽动分裂国家罪是指以语言、文字、图画或者其他方式，鼓动、刺激、怂恿、引诱、激励他人实施分裂国家、破坏国家统一的行为，它与分裂国家罪在表现形式上有许多相似甚至相同之处，如它们侵犯的同类客体都是国家安全，其直接客体都是国家的统一；它们都以法定危害行为的实行而不以为危害国家安全的结果作为犯罪成立的要件；它们在主观方面都是出于直接故意，并且这种故意都是就危害行为本身而非其行为结果的态度而言的；它们的最终目的都是分裂国家、破坏国家统一.。从行为之间的关系而言，煽动分裂国家的行为属于分裂国家的教唆或者帮助行为，如果刑法不另行设立煽动分裂国家罪，其煽动行为得以分裂国家罪的共犯论处，但既然刑法已将其规定为一种独立的犯罪行为，它与分裂国家罪即具有原则性的不同：
（1）就客观方面的行为方式而言，本罪是指组织、策划、实施分裂国家、破坏国家统一，或者与境外的机构、组织、个人相勾结，组织、策划、实施分裂国家、破坏国家统一；而煽动分裂国家罪的行为方式系通过语言、文字、图象、网络或者其他方式煽动他人实施分裂国家、破坏国家统一，使没有分裂国家意图的人产生分裂国家的犯罪决意，或者刺激、助长、坚定其已产生的分裂国家的犯罪决意.。煽动者并不需要亲自实施分裂国家的行为，被煽动者是否接受煽动从而实施分裂国家、破坏国家统一的行为，并不影响煽动分裂国家罪的成立。同时，此处的“煽动”应当排除分裂国家罪中的“组织”、“策划”行为中所包容的“煽动”内容，因为有时候的组织、策划分裂国家的行为也是以煽动分裂国家的行为为内容的.。
（2）就犯罪主体而言，分裂国家罪既包括首要分子和罪行重大者，又包括积极参加者和其他参加者；而煽动分裂国家罪仅仅包括首要分子和罪行重大者，并不处罚其他参加者，甚至积极参加者亦不构成煽动分裂国家罪。这是因为，煽动分裂国家罪仅仅是分裂国家罪的教唆或者帮助行为，如果属于首要分子和罪行重大者，应当予以刑事处罚；如果系其他参加者，则由于其社会危害性尚未达到应受刑罚处罚的程度，因而刑法不予干涉.。
（3）就故意的内容而言，本罪的行为人具有分裂国家、破坏国家统一的直接故意，即认识到自己的行为是组织、策划、实施分裂国家、破坏国家统一并积极而为；而煽动分裂国家罪的行为人所具有的仅仅是煽动他人分裂国家的直接故意，即认识到自己的行为是在煽动他人分裂国家而积极实施，并无具体的分裂国家的法定行为，即认识到自己的行为是在引起他人实施分裂国家的具体行为，并且希望和积极促成该行为的完成。
（三）其他相关注意事项
行为人在实施分裂国家行为的过程中，又实施了危害国家安全的犯罪或者其他犯罪的，如何处理，在刑法学界和司法实务界存在着几种不同的观点。有的认为，应当定数罪，实行数罪并罚；也有的认为，应当按照处理牵连犯或者吸收犯的原则从一重处断；还有的认为，对于这种情况应当具体问题具体处理：行为人在实施分裂国家罪的过程中，如果其客观行为特征符合其他犯罪的成立要件而构成想象竞合犯时，如行为人以分裂国家为目的，指挥所谓的“民族迁徙”、“民族回归”而非法越境的，则不仅构成分裂国家罪，也构成组织他人偷越国（边）境罪，对实施分裂国家的犯罪人来说，符合想象竞合犯的特征，只能按照处理想象竞合犯的原则，以分裂国家罪一罪论处；
如果行为人勾结外国，指挥所谓的“民族迁徙”、“民族回归”的，则行为人的行为具备背叛国家罪的性质，如果行为主体符合背叛国家罪的条件，则同时又构成背叛国家罪，这种情况最好也以本罪论处；如果属于牵连触犯其他犯罪的情况，如为组织分裂国家、破坏国家统一的犯罪活动，故意煽动民族仇恨、民族岐视，激起他们的愤恨与反抗，进而组织他人实施分裂国家活动的，则发生了手段行为与目的行为牵连的情形，对之应当按照处理牵连犯的原则从一重罪即本罪从重处断；如果实施的其他行为被本罪行为所吸收，如行为人首先煽动他人实施分裂国家、破坏国家统一的行为，继而又组织他们实施分裂国家、破坏国家统一行为的，从犯罪构成上，行为人实施了前后两个犯罪行为，符合两个犯罪构成，即煽动分裂国家罪和分裂国家罪，
但由于二行为的前后的紧密联系，且后行为是高度行为，是重行为，而前行为是低度行为，是轻行为，对之可按照高度行为吸收轻度行为的处理吸收犯的原则，以分裂国家罪论处，不必实行数罪并罚。主张具体问题具体分析的观点，并不同意这种一概以一罪论处的结论。在我们看来，对于那些在实施分裂国家行为的过程中，其构成特征又符合其他犯罪的，如果分裂国家行为与其他犯罪行为具有包容关系、竞合关系、吸收关系或者牵连关系的，而应当分别按照刑法上处理法条竞合、想象竞合、吸收犯或者牵连犯的原则从一重处断，如为破坏国家统一而成立具有黑社会性质的犯罪组织或者在出版物中刊载岐视、侮辱少数民族的内容的，成立牵连犯；先煽动一部分群众分裂国家又参与其中实施分裂国家的具体犯罪行为的，教唆或者帮助行为被实行行为所吸收；勾结外国分裂国家的，成立本罪与背叛国家罪的竞合，应当以一重罪即背叛国家罪论处；等等.。如果另行实施的其他犯罪行为与分裂国家行为不存在上述包容关系、竞合关系、吸收关系或者牵连关系，如在组织、策划一部分群众实施分裂国家活动的过程中，又煽动另外一部分群众分裂国家的，或者在分裂国家的过程中，为获得外国势力的支持而向他们提供国家秘密的，等等，恐怕不能以一罪论处，只能实行数罪并罚。。
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