1、犯罪主体不同。偷越国（边）境罪的犯罪主体是一般主体；而叛逃罪的犯罪主体则是特殊主体，即国家机关工作人员，不仅包括在国家机关依法从事公务的人员，还包括国家机关内的非从事公务的人员。
2、犯罪主观故意的内容不同。偷越国（边）境罪在主观方面表现为，行为人明知偷越国（边）境的行为是违法行为，会给国家对国（边）境的正常管理秩序造成破坏，而仍然希望这一危害社会的结果的发生；而叛逃罪直接故意的内容是，行为人明知自己是国家机关工作人员不应叛逃，而仍然故意为之。
3、犯罪客观方面的表现形式不同。偷越国（边）境罪在客观上表现为，违反国（边）境管理法规，偷越国（边）境的行为；叛逃罪在客观方而则表现为，国家机关工作人员在履行公务期间，擅离岗位，叛逃境处或者在境外叛逃，危害中华人民共和国国家安全的行为[www.csj64.com]。
4、犯罪客体不同。偷越国（边）境罪侵犯的直接客体是国家对国（边）境的正常管理秩序；而叛逃罪侵犯的客体则是中华人民共和国的国家安全[www.csj64.com]。
（二）偷越国（边）境罪与军人叛逃罪的区别
1、犯罪主体不同。偷越国（边）境罪的犯罪主体是一般主体，无论中国公民、外国人还是无国籍人均可成为偷越国（边）境罪的犯罪主体；而军人叛逃罪的犯罪主体则只能是现役军人。
2、犯罪客观方面的具体表现形式不同[长三角律师网]。偷越国（边）境罪在客观方面表现为，违反国（边）境管理法规，偷越国（边）境，情节严重的行为；而军人叛逃罪在客观方面则表现为，在履行公务期间，擅离岗位叛逃境外或者在境外叛逃的行为。
3、犯罪侵犯的客体不同。偷越国（边）境罪侵犯的同类客体和直接客体都是国家对国（边）境的正常管理秩序；而军人叛逃罪侵犯的同类客体是我国的军事利益，直接客体是国家的国防安全和军人永不叛国的职责。。
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