本罪与诈骗罪，两者之间存在着法条竞合关系，有许多相同之处。但区别主要是：
（1）诈骗行为发生的时空不同。前者只能发生在金融活动中；后者只能发生在金融活动以外[长三角律师网]。
（2）诈骗的方式不同。前者是通过使用伪造、变造的委托收款凭证等其他银行结算凭证这一金融道具实施的；后者是使用法律没有明文规定的道具实施的。
（3）犯罪客体不同[长三角律师网]。前者侵犯的是复杂客体，即国家对金融凭证的监督、管理制度和公私财产所有权；后者只是公私财产的所有权。
（4）犯罪主体不同。前者包括自然人和单位；后者只能是自然人。
实践中，如果行为人在非金融活动中使用伪造、变造的其他银行结算凭证实施诈骗，构成犯罪的应当以诈骗罪定罪处罚。反之，金融活动中使用伪造、变造的其他银行结算凭证进行诈骗，构成犯罪的则应当以金融凭证诈骗罪定罪处罚[长三角律师网]。
（二）与伪造、变造金融票证罪的界限
行为人伪造或变造委托收款凭证、汇款凭证、银行存单等其他银行结算凭证又用之骗取财物的、属于手段牵连行为，根据牵连犯的处理原则应择一重罪进行处罚。。
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