股权转让协议如何处理？ 一、股权转让协议有哪些注意事项？
1、如何确定股权转让价格
对股权转让价格的评估应当区分国有企业，与一般私营有限责任公司的不同。前者必须经过国有资产办对股权进行立项、确认的步骤，再到资产评估机构进行评估。而后者因为允许双方通过协商来确定，因此比较自由。但即使是协商，也至少应当保证该价格的产生是经过了双方认可并有实际依据的。
2、转让方应当作出股权无瑕疵的书面保证
由于股权存在瑕疵而引起的争议纠纷相当常见，在签订股权转让协议之时就要求转让方对其转让资格、转让的股权作无瑕疵保证，一旦未来产生争议，至少能提醒法官受让方在签订协议之初就已尽到了应尽的注意义务。
3、转让方缴税保证与配合变更登记保证
很多股权转让协议中双方都习惯作出“本次股权转让过程中产生的一切费用都由转让方/受让方承担”等类似笼统的约定，但该约定并不能免除转让方缴税的法定义务。根据相关法律规定，股权转让过程中，股权转让人是纳税义务人，受让人是代扣代缴义务人，纳税人应当按照财产转让所得的20%缴纳个人所得税。所以如果双方仅约定了“一切费用的承担方”，该“一切费用”一般不包括转让方应当缴纳的个人所得税，对此司法审判中还是有一定共识的。
4、明确公司债权债务的承担方
二、非法的股权转让协议如何处理？
有些受让方因为股权转让价格过低而急于受让，却可能忽视了该股权背后隐藏的风险，即公司的债务情况。公司所承担的债务直接影响到公司的资产、股权的价值、公司的运营及盈利能力，因此对公司现存的债务如何承担是需要在股权转让协议中特别约定，也是非常重要的条款。
股权转让通常通过转让人与受让人以订立股权转让合同的形式进行，股权转让合同是股权变动的载体。转让人与受让人就转让股份的数量、价格、付款期限、方式等内容达成一致意见并签订股权转让合同的行为，是股权转让过程中债权行为的具体体现。就此而言，股权转让合同与一般民商事合同并无区别，应受合同法及相关法律的调整，而股权转让合同的效力也首先应当适用合同法的有关规定加以判断。
与一般合同不同的是，股权转让合同的签订与履行不仅影响合同双方当事人的切身利益，而且涉及合同当事人之外的利益相关者，包括公司、债权人等的切身利益。因为，股权转让合同一旦履行，不仅在合同双方当事人间发生对价给付，受让方亦有可能参与公司经营管理，改变公司经营理念、经营方针和经营策略，若股权转让合同被确认无效或撤销，必然在合同双方当事人、公司及利益相关者间掀起轩然大波。因此，在股权转让合同纠纷案件中，对于股权转让合同效力的确认应慎重对待，从严把握。
综上所述，股权转让协议对于双方来说非常重要，在签订股权转让协议的时候要从合同主体、股东会意见、明晰股权结构等几方面注意。对于不合法的股权转让协议如何处理，有不同的处理方式，一方可以申请协议无效，不予履行，或者通过民事诉讼解决，由法院强制判决协议无效。


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